研究院共有大型分析仪器室2个，以及专用实验室11个，分别是：环境理论计算实验室、POPs前处理实验室、环境材料实验室、环境污染与健康实验室、水相催化实验室、大气污染模拟实验室、生物仪器实验室、毒理实验室、生物应用实验室、大气环境催化实验室、工业催化实验室，供院内学生、老师科研使用。

研究院现有质子传递反应飞行时间质谱仪、高效液相色谱-四极杆飞行时间串联质谱、稳定同位素比质谱仪、 三重四级杆气相色谱质谱联用仪等大型仪器，总值5000余万元。

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